Bộ máy lãnh đạo, điều hành Ngân hàng Trung ương ở các nước có hình thức tổ chức đa dạng nhưng có thể khái quát thành hai dạng chính là bộ máy lãnh đạo, điều hành tập thể và bộ máy lãnh điều hành theo chế độ một lãnh đạo (thủ trưởng chế).
Ở Việt Nam, cơ chế lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước Việt Nam theo chế độ thủ trưởng chế. Thống đốc Ngân hàng nhà nước Việt Nam là chức vụ vừa chịu trách nhiệm trước cơ quan quyền lực (Quốc hội), vừa phải chịu trách nhiệm trước cơ quan chấp hành (Chính phủ).
Theo quy định tại Điều 8 Luật Ngân hàng Nhà nước Việt nam năm 2010 thì đứng đầu Ngân hàng nhà nước Việt Nam là Thống đốc. Thống đốc Ngân hàng nhà nước Việt Nam là thành viên Chính phủ, là người đứng đầu và lãnh đạo Ngân hàng nhà nước; chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ, trước Quốc hội về quản lý nhà nước trong lĩnh vực tiền tệ và ngân hàng. Thống đốc có các nhiệm vụ và quyền hạn sau đây:
– Tổ chức và chỉ đạo thực hiện chính sách tiền tệ quốc gia theo thẩm quyền;
– Tổ chức và chỉ đạo thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của Ngân hàng nhà nước theo quy định của Luật này và các quy định khác của pháp luật có liên quan;
– Đại diện pháp nhân của Ngân hàng nhà nước.
Bên cạnh đó, giúp việc cho Thống đốc có các Phó thống đốc. Đứng đầu các Vụ là Vụ trưởng, chịu trách nhiệm hỗ trợ cho Ngân hàng nhà nước Việt Nam trong lĩnh vực chuyên môn được phân công. Đứng đầu cơ quan ngang Vụ là các giám đốc. Đối với chi nhánh của Ngân hàng nhà nước Việt Nam ở địa phương, đứng đầu là Giám đốc chi nhánh.