Một trong những nguyên tắc cơ bản của tố tụng hình sự Việt Nam là “trách nhiệm thực hành quyền công tô và kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong tố tụng hình sự”. Nguyên tắc này thể hiện trong chức năng, nhiệm vụ của Viện kiểm sát nhân dân trong các giai đoạn của tố tụng hình sự trong đó có giai đoạn điều tra.
Công tố là sự buộc tội nhân danh Nhà nước. Quyền công tố với tư cách là một loại quyền Nhà nước được giao cho cơ quan nhà nước có thẩm quyền thực hiện. Thực hành quyền công tố là việc thực hiện các hành vi tố tụng cẩn thiết theo quy định của pháp luật tố tụng hình sự để truy cứu trách nhiệm hình sự người phạm tội, đưa người phạm tội ra xét xử trước Tòa án và bảo vệ sự buộc tội đó. Trong mô hình tố tụng hình sự Việt Nam, quyền công tố được giao cho Viện kiểm sát thực hiện nhưng trong đó hoạt động điều tra (một hoạt động phục vụ cho việc buộc tội) lại do Cơ quan điều tra thực hiện. Việc phân biệt rành mạch hoạt động thực hành quyền công với hoạt động kiểm sát tuân theo pháp luật trong giai đoạn điều tra chỉ mang tính tương đối. Vì xét cho cùng, mọi hoạt động của Viện kiểm sát trong gia đoạn này là để bảo đảm cho việc buộc tội chính xác, đúng pháp luật. Để thực hành quyền công tố trong giai đoạn điều tra, Viện kiểm sát nhân dân thực hiện các quyền sau:
Thứ nhất, Viện kiểm sát có quyền yêu cầu Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra khởi tố hoặc thay đổi, bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự, khởi tố bị can. Nhiệm vụ khởi tố vụ án hình sự chủ yếu do các Cơ quan điều tra thực hiện. Tuy nhiên, nếu có dấu hiệu tội phạm mà Cơ quan điều tra không khởi tố thì Viện kiểm sát có quyền yêu cầu các Cơ quan điều tra khởi tố hoặc tự mình khởi tố vụ án hình sự. Bên cạnh đó, Viện kiểm sát có quyền phê chuẩn hoặc hủy bỏ quyết định khởi tố, quyết định thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố bị can không có căn cứ và trái pháp luật của các cơ quan có thẩm quyền khởi tố vụ án hình sự.
Thứ hai, trường hợp phát hiện có người đã thực hiện hành vi mà Bộ luật Hình sự quy định là tội phạm chưa bị khởi tố thì Viện kiểm sát yêu cầu Cơ quan điều tra ra quyết định khởi tố bị can hoặc trực tiếp ra quyết định khởi tố bị can nếu đã yêu cầu nhưng Cơ quan điều tra không thực hiện. Trong thời hạn 24 giờ kể từ khi ra quyết định khởi tố bị can, Viện kiểm sát phải gửi cho Cơ quan điều tra để tiến hành điều tra.
Thứ ba, trong giai đoạn điều tra, Viện kiểm sát có quyền phê chuẩn, không phê chuẩn lệnh bắt người bị giữ trong trường hợp khẩn cấp, gia hạn tạm giữ, việc tạm giam, bảo lĩnh, đặt tiền để bảo đảm, khám xét, thu giữ, tạm giữ đồ vật, thư tín, điện tín, bưu kiện, bưu phẩm, áp dụng biện pháp điều tra tố tụng đặc biệt; phê chuẩn, không phê chuẩn các quyết định tố tụng khác không có căn cứ và trái pháp luật của Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra; hủy bỏ các quyết định tố tụng không có căn cứ và trái pháp luật của Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra.
Thứ tư, Viện kiểm sát nhân dân có quyền đề ra yêu cầu điều tra và yêu cầu Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra tiến hành điều tra để làm rõ tội phạm, người phạm tội; yêu cầu Cơ quan điều tra truy nã bị can, áp dụng biện pháp điều tra tố tụng đặc biệt. Trực tiếp tiến hành một số hoạt động điều tra trong trường hợp để kiểm tra, bổ sung tài liệu, chứng cứ khi xét phê chuẩn lệnh, quyết định của Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra hoặc trường hợp phát hiện có dấu hiệu oan, sai, bỏ lọt tội phạm, vi phạm pháp luật mà Viện kiểm sát đã yêu cầu bằng văn bản nhưng không được khắc phục hoặc trường hợp để kiểm tra, bổ sung tài liệu, chứng cứ khi quyết định việc truy tố.
Thứ năm, Viện kiểm sát có quyền khởi tố vụ án hình sự khi phát hiện hành vi của người có thẩm quyền trong việc giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm, kiến nghị khởi tố và trong việc khởi tố, điều tra có dấu hiệu tội phạm; yêu cầu Cơ quan điều tra khởi tố vụ án hình sự khi phát hiện hành vi của người có thẩm quyền trong việc giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm, kiến nghị khởi tố và trong việc khởi tố, điều tra có dấu hiệu tội phạm.

Ngoài ra, Viện kiểm sát có quyền quyết định việc gia hạn thời hạn điều tra, thời hạn tạm giam; quyết định chuyển vụ án, áp dụng thủ tục rút gọn, áp dụng biện pháp bắt buộc chữa bệnh; hủy bỏ quyết định tách, nhập vụ án.
Bên cạnh việc thực hành quyền công tố, Viện kiểm sát còn thực hiện chức năng kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong tố tụng hình sự. Chức năng này được Viện kiểm sát thực hiện trong tất cả các giai đoạn của tố tụng hình sự nhằm bảo đảm cho hoạt động điều tra đúng pháp luật, bảo vệ quyền con người trong tố tụng hình sự, bảo đảm không bỏ lọt tội phạm, không làm oan người vô tội. Để thực hiện chức năng kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong giai đoạn điều tra, Viện kiểm sát nhân dân có các nhiệm vụ cụ thể sau: Kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong việc khởi tố, điều tra và lập hồ sơ vụ án của Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra. Kiểm sát hoạt động tố tụng hình sự của người tham gia tố tụng; yêu cầu, kiến nghị cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền xử lý nghiêm minh người tham gia tố tụng vi phạm pháp luật. Giải quyết tranh chấp về thẩm quyền điều tra. Yêu cầu Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra cung cấp tài liệu liên quan để kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong việc khởi tố, điều tra khi cần thiết. Khi phát hiện việc điều tra không đầy đủ, vi phạm pháp luật thì Viện kiểm sát yêu cầu Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra thực hiện các hoạt động: Tiến hành hoạt động điều tra đúng pháp luật; Kiểm tra việc điều tra và thông báo kết quả cho Viện kiểm sát; Cung cấp tài liệu liên quan đến hành vi, quyết định tố tụng có vi phạm pháp luật trong việc điều tra. Kiến nghị, yêu cầu Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra khắc phục vi phạm trong việc khởi tố, điều tra. Yêu cầu Thủ trưởng Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra thay đổi Điều tra viên, Cán bộ điều tra, xử lý nghiêm minh Điều tra viên, Cán bộ điều tra vi phạm pháp luật trong hoạt động tố tụng. Kiến nghị cơ quan, tổ chức hữu quan áp dụng các biện pháp phòng ngừa tội phạm và vi phạm pháp luật.
Cơ quan điểu tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra phải thực hiện yêu cầu, quyết định của Viện kiểm sát trong giai đoạn điều tra. Đối với quyết định quy định tại khoản 4 và khoản 5 Điều 165 của Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 nếu không nhất trí, Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điểu tra vẫn phải thực hiện nhưng có quyền kiến nghị với Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp. Trong thời hạn 20 ngày kể từ ngày nhận được kiến nghị của Cơ quan điều tra hoặc trong thời hạn 05 ngày kể từ ngày nhận được kiến nghị của cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra, Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp phải xem xét, giải quyết và thông báo kết quả giải quyết cho cơ quan đã kiến nghị.
Cơ quan, tổ chức, cá nhân phải nghiêm chỉnh thực hiện quyết định, yêu cầu của Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra, Viện kiểm sát trong giai đoạn điều tra vụ án hình sự; trường hợp không chấp hành mà không vì lý do bất khả kháng hoặc không do trở ngại khách quan thì bị xử lý theo quy định của pháp luật.