Mặc dù có những vai trò tích cực, thuế tiêu thụ đặc biệt cũng có những mặt hạn chế nhất định. Hạn chế chủ yếu nảy sinh từ việc áp dụng hệ thống thuế suất cao của thuế tiêu thụ đặc biệt có nguy cơ tiềm ẩn hành vi trốn lậu thuế thông qua hoạt động chuyển giá.
Chuyển giá là hành vi do các cơ sở kinh doanh thực hiện nhằm thay đổi giá hàng hoá, dịch vụ trong các giao dịch mua, bán giữa các cơ sở kinh doanh có mối quan hệ đặc biệt, với mục đích giảm thiểu tới mức có thể nghĩa vụ thuế của các bên trong giao dịch đối với nhà nước. Theo OECD, giá được chuyển (transfer prices) thông qua việc giao hàng hoá (kể cả tài sản vô hình) hoặc cung ứng dịch vụ giữa các doanh nghiệp có liên quan, không phản ánh giá thị trường một cách trung thực, bình thường, tự nhiên và đúng với thực tế). Thông thường, khi nói về hiện tượng chuyển giá, người ta thường nghĩ tới những giao dịch thương mại diễn ra giữa các chi nhánh trong cùng một công ti đa quốc gia, làm phát sinh nghĩa vụ thuế trong hai hệ thống pháp luật khác nhau. Khi đó hành vi chuyển giá thường được tiến hành theo hướng giá cả của hàng hoá, dịch vụ trong giao dịch được xác định sao cho có thể chuyển nghĩa vụ thuế từ chi nhánh kinh doanh ở quốc gia áp dụng hệ thống thuế suất cao sang chi nhánh kinh doanh ở quốc gia áp dụng hệ thống thuế suất thấp. Tuy nhiên, hiện tượng chuyển giá còn có thể diễn ra trong phạm vi những công ti trong cùng một tập đoàn, hoặc giữa các công ti có quan hệ đặc biệt, hoạt động trong phạm vi biên giới của một quốc gia. Hiện tượng này thường diễn ra trong trường hợp chủ thể sản xuất hàng hoá chịu thuế thuế tiêu thụ đặc biệt muốn giảm bớt nghĩa vụ thuế tiêu thụ đặc biệt của mình bằng cách bán hàng cho cơ sở kinh doanh có mối quan hệ đặc biệt với giá bán thấp hơn giá thị trường.
Trên thực tế, pháp luật các nước thường quy định hệ thống thuế suất thuế tiêu thụ đặc biệt cao nhằm hướng dẫn tiêu dùng hợp lí và điều tiết thu nhập xã hội; mặt khác, các quốc gia thường chỉ đánh thuế tiêu thụ đặc biệt một lần vào khâu sản xuất và nhập khẩu, chứ không đánh thuế tiêu thụ đặc biệt vào khâu bán lẻ những mặt hàng nói trên. Các cơ sở kinh doanh thương mại mua hàng hoá thuộc danh mục chịu thuế tiêu thụ đặc biệt của cơ sở sản xuất, nhập khẩu không phải chịu thuế tiêu thụ đặc biệt mà sẽ chịu một loại thuế gián thu khác. Với quy định như vậy, nhiều cơ sở sản xuất đã sử dụng biện pháp chuyển giá để giảm bớt gánh nặng thuế tiêu thụ đặc biệt bằng cách thành lập nên các cơ sở kinh doanh thương mại hạch toán độc lập và bán hàng cho các cơ sở kinh doanh này với giá thấp hơn giá bán thông thường. Số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp, vì vậy, sẽ giảm đi tương ứng.
Đối phó với tình trạng này, các nhà làm luật thường áp dụng biện pháp “cứng” trong việc xác định số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp. Nếu giá bán làm căn cứ xác định giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt của một cơ sở sản xuất (có nghĩa vụ nộp thuế) thấp hơn giá bán trên thị trường tới một ngưỡng luật định, cơ quan thuế có quyền ấn định số thuế tiêu thụ đặc biệt cơ sở này phải nộp, hoặc ấn định giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt. Việt Nam vừa qua đã đi theo xu hướng này nhằm hạn chế hiện tượng chuyển giá, chống thất thu cho ngân sách nhà nước.
Xem thêm: Vai trò của thuế tiêu thụ đặc biệt
Xem thêm: Hoàn thuế, khấu trừ thuế và giảm thuế tiêu thụ đặc biệt
