1. Khai thuế tiêu thụ đặc biệt
Việc khai thuế được pháp luật quy định có phân biệt giữa chủ thể nộp thuế theo phương pháp người nộp thuế tự tính thuế (cách tính theo quy định tại Điều 5 Luật thuế tiêu thụ đặc biệt năm 2008) với chủ thể nộp thuế theo phương pháp khoán.
1.1. Khai thuế trong trường hợp người nộp thuế tự tính thuế
Chủ thể nộp thuế tiêu thụ đặc biệt có nghĩa vụ khai thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp hồ sơ khai thuế theo tháng. Hàng hoá chịu thuế tiêu thụ đặc biệt được mua để xuất khẩu nhưng thực tế không xuất khẩu mà được tiêu thụ trong nước và hàng hoá nhập khẩu thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt thì phải khai theo từng lần phát sinh.
Hồ sơ khai thuế tiêu thụ đặc biệt được pháp luật quy định có phân biệt giữa hàng hoáldịch vụ sản xuất trong nước với hàng hoá xuất, nhập khẩu. Hồ sơ khai thuế tiêu thụ đặc biệt đối với hàng hoá, dịch vụ sản xuất trong nước gồm: (1) Tờ khai thuế tiêu thụ đặc biệt; (2) bảng kê hoá đơn bán hàng, dịch vụ chịu thuế; và (3) bảng kê thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ (nếu có). Toàn bộ tờ khai và bảng kê nói trên đều được lập theo mẫu. Hồ sơ khai thuế tiêu thụ đặc biệt đối với hàng nhập khẩu là hồ sơ hải quan.
Hồ sơ khai thuế tiêu thụ đặc biệt phải được nộp tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp của người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế bán hàng qua chi nhánh, cửa hàng, đơn vị trực thuộc hoặc qua đại lí bán đúng giá, xuất hàng bán kí gửi (gọi chung là các tổ chức bán hộ), các tổ chức bán hộ không phải khai thuế tiêu thụ đặc biệt nhưng khi gửi bảng kê bán hàng tới người nộp thuế thì phải gửi đồng thời một bản cho cơ quan quản lý thuế trực tiếp của mình để theo dõi.

1.2. Khai thuế trong trường hợp nộp thuế theo phương pháp khoán
Các hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh không có đăng kí kinh doanh hoặc không thực hiện đăng kí kinh doanh hoặc không thực hiện chế độ hoá đơn, chứng từ hoặc những chủ thể rơi vào trường hợp luật định phải nộp thuế tiêu thụ đặc biệt theo phương pháp khoán, sẽ nộp hồ sơ khai thuế khoán một lần trong một năm, chậm nhất vào ngày 31 tháng 12 của năm trước. Hồ sơ khai thuế khoán được nộp cho chi cục thuế địa phương, nơi diễn ra hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế tiêu thụ đặc biệt.
2. Nộp thuế tiêu thụ đặc biệt
Người nộp thuế có nghĩa vụ nộp thuế đầy đủ, đúng hạn vào ngân sách nhà nước. Thời hạn nộp thuế chậm nhất là ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế nếu người nộp thuế tự tính thuế. Nếu cơ quan thuế tính thuế hoặc ấn định số thuế phải nộp, thì thời hạn nộp thuế là thời hạn ghi trên thông báo của cơ quan thuế.
Người nộp thuế có thể được gia hạn nộp thuế nếu gặp phải khó khăn khách quan, gây thiệt hại vật chất và ảnh hưởng trực tiếp tới kết quả kinh doanh; hoặc gặp phải những khó khăn đặc biệt khác theo quy định của pháp luật. Để được gia hạn nộp thuế, người nộp thuế phải gửi hồ sơ gia hạn nộp thuế tới cơ quan quản lý thuế trực tiếp và phải có quyết định gia hạn nộp thuế của cơ quan này.