So với các loại thuế nội địa như thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt hay thuế thu nhập doanh nghiệp thì trình tự, thủ tục hành thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu có khá nhiều điểm khác biệt. Sự khác biệt này không chỉ được thể hiện ở khía cạnh chủ thể có thẩm quyền thu thuế (đối với thuế xuất khẩu, nhập khẩu là cơ quan hải quan, còn đối với thuế nội địa là cơ quan thuế) mà còn được thể hiện ở những khía cạnh khác như thời hạn tính thuế, thủ tục kiểm tra hàng hoá và giám định hàng hoá xuất nhập khẩu, vấn đề bảo đảm thực hiện nghĩa vụ nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu bằng cam kết bảo lãnh của các ngân hàng…
Theo quy định hiện hành của pháp luật Việt Nam, trình tự thủ tục hành thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu bao gồm các bước sau đây:
1. Kê khai thuế và tính thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu
Theo luật định, mỗi lần có hàng hoá xuất khẩu hay nhập khẩu, tổ chức và cá nhân đứng tên làm thủ tục xuất, nhập khẩu hàng hoá phải tiến hành kê khai số lượng, giá tính thuế đối với từng mặt hàng xuất khẩu, nhập khẩu và tự tính số thuế xuất khẩu hoặc thuế nhập khẩu phải nộp. Việc kê khai và tính thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu được người nộp thuế tiến hành trên tờ khai hải quan, theo hướng dẫn của cơ quan hải quan. Trên nguyên tắc, tờ khai hải quan được xem là căn cứ để cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra kết quả tính thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu cũng như mức độ trung thực của người nộp thuế trong quá trình kê khai, tính thuế, nộp thuế. Dựa vào tờ khai hải quan, cơ quan hải quan mới có bằng chứng cụ thể nhằm xác định việc người nộp thuế có hành vi khai man, trốn thuế hay không và trên cơ sở đó mới có thể ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với họ.
Theo quy định của pháp luật hiện hành, việc kê khai và tính thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu phải được tiến hành ngay tại thời điểm và nơi đăng kí tờ khai hàng hoá xuất, nhập khẩu. Sau đó, tờ khai hàng hoá xuất nhập khẩu phải được nộp cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu để cơ quan này tiến hành kiểm hoá và xác định mức thuế phải nộp cho người nộp thuế. Đối với những cửa khẩu có số lượng hàng hoá xuất, nhập khẩu lớn thì Chính phủ có thể quyết định mở thêm các điểm làm thủ tục xuất nhập khẩu và thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, theo yêu cầu của Tổng cục hải quan và Bộ tài chính.
Trong quá trình kiểm tra việc kê khai và tính thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, cơ quan hải quan phải tiến hành công việc kiểm hoá và tổ chức thực hiện việc giám định hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu khi cần thiết để đảm bảo rằng việc nộp thuế của người nộp thuế là khách quan, chính xác và đúng pháp luật.
Việc kiểm hoá được tiến hành bởi những cán bộ hải quan chuyên trách. Còn việc giám định đối với một số mặt hàng xuất khẩu, nhập khẩu để làm cơ sở cho việc xác định nghĩa vụ thuế, sẽ được thực hiện bởi những cơ quan, tổ chức giám định chuyên nghiệp theo sự chỉ định của cơ quan hải quan, dựa trên danh mục các cơ quan, tổ chức có thẩm quyền giám định, kiểm tra chất lượng hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đã được Bộ khoa học công nghệ phối hợp với Bộ công thương và Bộ tài chính quy định cụ thể.
2. Nộp thuế và bảo đảm thực hiện nghĩa vụ nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu
Theo pháp luật hiện hành, nghĩa vụ nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu chỉ phát sinh kể từ thời điểm người nộp thuế đăng kí tờ khai hải quan, trong đó xác định rõ về số thuế họ phải nộp. Đây cũng là thời điểm khởi đầu để xác định thời hạn nộp thuế theo luật định và trên cơ sở đó, có thể xác định được người nộp thuế có hành vi chậm nộp tiền thuế hay không để ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với họ. Điều này có nghĩa là người nộp thuế phải thực hiện nghĩa vụ của mình trong thời hạn nộp thuế theo luật định. Nếu quá thời hạn đó mà nghĩa vụ nộp thuế mới được thực hiện hoặc không được thực hiện thì họ bị coi là vi phạm nghĩa vụ nộp thuế và sẽ bị chế tài.
Theo Điều 9 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu năm 2016, thời hạn nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu được quy định cụ thể như sau:
1. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế phải nộp thuế trước khi thông quan hoặc giải phóng hàng hoá theo quy định của Luật hải quan, trừ trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 9 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu năm 2016.
Trường hợp được tổ chức tín dụng bảo lãnh số thuế phải nộp thì được thông quan hoặc giải phóng hàng hoá nhưng phải nộp tiền chậm nộp theo quy định của Luật quản lí thuế kể từ ngày được thông quan hoặc giải phóng hàng hoá đến ngày nộp thuế. Thời hạn bảo lãnh tối đa là 30 ngày kể từ ngày đăng kí tờ khai hải quan.
Trường hợp đã được tổ chức tín dụng bảo lãnh nhưng hết thời hạn bảo lãnh mà người nộp thuế chưa nộp thuế và tiền chậm nộp thì tổ chức bảo lãnh có trách nhiệm nộp đủ thuế và tiền chậm nộp thay cho người nộp thuế.
2. Người nộp thuế được áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định của Luật hải quan được thực hiện nộp thuế cho các tờ khai hải quan đã thông quan hoặc giải phóng hàng hoá trong tháng chậm nhất vào ngày thứ mười của tháng kế tiếp. Quá thời hạn này mà người nộp thuế chưa nộp thuế thì phải nộp đủ số tiền nợ thuế và tiền chậm nộp theo quy định của Luật quản lí thuế.
Trong quá trình hành thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hiện nay ở Việt Nam, việc đảm bảo thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế thường được thực hiện bằng hai cách:
Một là, nghĩa vụ thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu được đảm bảo bằng cam kết bảo lãnh của các tổ chức tín dụng. Với phương thức bảo đảm này, nếu hết thời hạn nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo quy định mà người nộp thuế chưa thực hiện nghĩa vụ của họ thì cơ quan thu thuế có quyền yêu cầu tổ chức tín dụng bảo lãnh phải thực hiện nghĩa vụ nộp thuế thay cho người được bảo lãnh (người nộp thuế).
Hai là, nghĩa vụ nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu được đảm bảo bằng biện pháp cưỡng chế tạm giữ hàng hoá, kê biên và bán đấu giá tài sản, trích tiền trên tài khoản của người nộp thuế ở ngân hàng theo quy định của pháp luật để thu đủ số tiền thuế, tiền phạt phải nộp. Biện pháp này thường được áp dụng trong trường hợp nghĩa vụ của người nộp thuế không có sự bảo lãnh của tổ chức tín dụng và khi đã hết thời hạn nộp thuế, nộp phạt mà người nộp thuế vẫn không thực hiện nghĩa vụ của mình.
