Luật tổ chức quốc tế trước hết được xây dựng và bảo đảm thực hiện trên cơ sở các nguyên tắc mang tính chất Jus cogens của luật quốc tế. Ngoài hệ thống các nguyên tắc cơ bản của luật quốc tế, việc duy trì hoạt động và phát triển quan hệ hợp tác của các thành viên của tổ chức quốc tế còn phải dựa trên các nguyên tắc chủ đạo của luật tổ chức quốc tế.
1. Nguyên tắc tự nguyện và bình đẳng chủ quyền giữa các quốc gia thành viên
Đây là nguyên tắc cơ bản trong quan hệ giữa các thành viên khi tham gia tổ chức quốc tế. Nội dung của nguyên tắc thể hiện trước hết ở sự tự nguyện tham gia tổ chức quốc tế của các thành viên, ví dụ, tự nguyện trở thành thành viên hoặc rút khỏi tổ chức quốc tế, trừ một số trường hợp đã thoả thuận trước. Các thành viên có quyền có một lá phiếu để biểu quyết quyết định các vấn đề trong khuôn khổ các cơ quan của tổ chức quốc tế, trừ một số ngoại lệ. Khi biểu quyết, các thành viên không chịu sự chi phối bởi ý chí của bất kỳ thành viên khác hoặc bất kỳ chủ thể nào khác của Fuật quốc tế. Sự bình đẳng về chủ quyềF1 còn được thể hiện ở sự bằng nhau về số lượng các thành viên tham gia các phiên họp tại cơ quan toàn thể của tổ chức quốc tế hay việc sắp xếp chỗ ngồi của các đại diện quốc gia…
2. Nguyên tắc tôn trọng quyền năng độc lập của tổ chức quốc tế trong quan hệ với các thành viên và các chủ thể khác của Luật quốc tế
Đây là nguyên tắc thể hiện tính đặc thù của mối quan hệ giữa tổ chức quốc tế và các quốc gia thành viên. Quyển năng chủ thể luật quốc tế và các tổ chức có được hoàn toàn trên cơ sở quốc gia thành viên tự nguyện trao cho tổ chức quốc tế để duy trì hoạt động của tổ chức. Tuy nhiên, để hoạt động hiệu
quả, quyền năng chủ thể luật quốc tế của tổ chức quốc tế phải độc lập với quyền năng chủ thể luật quốc tế của các quốc gia thành viên. Với tư cách thành viên, quốc gia phải tôn trọng quyền năng độc lập của tổ chức quốc tế. Đồng thời, các quốc gia thành viên phải tuân thủ đầy đủ các quy chế và các nghĩa vụ mà tổ chức quốc tế quy định, kể cả các cơ chế giám sát thi hành nghĩa vụ pháp lý quốc tế trong khuôn khổ tổ chức quốc tế. Nguyên tắc này, vì vậy, nhằm đảm bảo sự độc lập và sự hiệu quả trong hoạt động của tổ chức quốc tế với tư cách chủ thể độc lập của luật quốc tế.
