1. Nguyên tắc chung
Cơ chế giải quyết tranh chấp của WTO được xây dựng trên bốn nguyên tắc: công bằng, nhanh chóng, hiệu quả và chấp nhận được đối với các bên tranh chấp, phù hợp với mục tiêu bảo toàn các quyền và nghĩa vụ. phù hợp với các hiệp định thương mại có liên quan trên cơ sở tuân thủ các quy phạm của luật pháp và tập quán quốc tế về giải thích điều ước quốc tế.
Ngoài ra, WTO cũng sẽ tiếp tục áp dụng cách giải quyết tranh chấp của GATT-1947 như: (I) tái lập sự cân bằng giữa quyền và nghĩa vụ: (ii) giải quyết tích cực các tranh chấp; (iii) cấm đơn phương áp dụng các biện pháp trả đũa khi chưa được phép của WTO. Nguyên tắc cấm đơn phương áp dụng các biện pháp trừng phạt trả đũa có ý nghĩa sống còn đối với sự tồn tại của hệ thống thương mại toàn cầu. Tuy nhiên, nguyên tắc này không bao hàm rõ ràng ý có cấm các nước: thành viên không được đơn phương xác định các hành vi của nước thành viên khác có vi phạm các hiệp định của WTO hay không. Lợi dụng sự không rõ ràng này nên một số nước thành viên phát triển như Mỹ, EU vẫn tiếp tục đơn phương áp dụng các đạo luật của riêng mình như Điều khoản Super 301 trong Luật Thương mại Mỹ hoặc Quy định 384/96 của Hội đồng châu Âu để “kết án” và trừng phạt các nước thành viên WTO khác.
2. Các cơ quan liên quan tới giải quyết tranh chấp trong WTO
Cơ quan Giải quyết tranh chấp (Dispute Settlement Body DSB) có quyền quyết định thành lập và thông qua báo cáo của nhóm chuyên gia và nhóm phúc thẩm, giám sát việc thực hiện) các quyết định về giải quyết tranh chấp. cho phép tàn đình khi việc áp dụng các hiệp định thương mại và cho phép áp dụng các biện pháp trừng phạt với một nước thành viên‘.
Nhóm chuyên gia: công việc chính về giải quyết tranh chấp do các nhóm chuyên gia thực hiện. Các nhóm chuyên gia này do DSB thành lập để giải quyết một vụ tranh chấp cụ thể và giải thể sau khi kết thúc nhiệm vụ. Khác với cơ cấu nhóm chuyên gia thời kỳ GATT–1947 chu yeu được ưu tiên lựa chọn trong các quan chức đàm phan cac nước thành viên, nhóm chuyên gia thời WTO được ưu tiên chọn trong số những chuyên gia (experts) độc lập, không làm việc cho chính phủ, có uy tín quốc tế về chính sách hoặc luật thương mại quốc tế. Thành phần của mỗi nhóm chuyên gia từ ba – năm người. Nhiệm vụ của nhóm chuyên gia là giúp Cơ quan Giải quyết tranh chấp của WTO làm sáng tỏ nội dung tranh chấp và khuyến nghị ngột giải pháp để các bện hữu quan giải quyết tranh chấp của họ, phù hợp với các hiệp định thương mại có liên quan. Trong quá trình xem xét sự việc, nhóm chuyên gia có quyền tìm kiếm thông tin từ mọi nguồn và trưng cầu ý kiến giám định của các chuyên gia bên ngoài về những vấn đề kỹ thuật. Toàn bộ quá trình giải quyết tranh chày từ thời điểm các bên tranh chấp tự thương lượng với nhau cho đến khi nhóm chuyên gia đệ trình báo cáo lên DSB tối đa không qua một năm, trong đó thời gian kể từ thời điểm thành lập nhóm chuyên gia cho đến khi đệ trình báo cáo tôi đa không quá sáu tháng. Báo cáo của nhóm chuyên gia sẻ được gửi đến cho các bên tranh chấp trong vòng sáu tháng. trong trường hợp tranh chấp liên quan đến những hàng hóa dễ hư họng trong vòng ba tháng và gửi đến tất cả các thành viên của WT) sau đó ba tuần. Sau 60 ngày, báo cáo của nhóm chuyên gia sẽ tự động trở thành quyết định của DSB nếu không có sự đồng thuận của tất cả các nước thành viên WTO, kể cả hai bên tranh chấp bác bỏ nội dung báo cáo.
Cơ quan Phúc thẩm thường trực: một trong những nét mới của bộ máy giải quyết tranh chấp của WTO là việc thành lập Cơ quan Phúc thầm thường trực. Cơ quan này có bảy thành viên, do Cơ quan Giải quyết tranh chấp bổ nhiệm với nhiệm kỳ bốn năm, là những chuyên gia pháp lý và thương mại quốc tế có kinh nghiệm lâu năm. Cơ quan này có chức năng xem xét theo thủ tục “phúc thẩm” báo cáo của nhóm chuyên gia, theo đề nghị của một trong các bên tranh chấp. Tuy nhiên, phạm vi “phúc thẩm” chỉ áp dụng đối với những kết luận và giải thích pháp lý được đưa ra trong báo cáo của nhóm chuyên gia, khi có đề nghị xem xét phúc thẩm, Cơ quan Phúc thân thường trực sẽ lập ra một nhóm phúc thẩm riêng biệt cho mỗi một vụ tranh chấp, bao gồm ba thành viên. Nhóm phúc thẩm có thẩm quyền hoặc giữ nguyên, thay đổi hoặc huỷ bỏ những giải thích và kết luận pháp lý nếu trong báo cáo của nhóm chuyên gia. Báo cáo của nhóm phúc thẩm sẽ được đệ trình lên DSB để thông qua. Việc thông qua báo cáo phúc thẩm được thực hiện theo nguyên tắc đồng thuận tiêu cực và gần như mang tính chất tự động. Các bên tranh chấp có nghĩa vụ thực hiện vi điều kiện quyết định cuối cùng của DSB trên cơ sở báo cáo phúc thẩm. Thời hạn xem xét phúc thẩm là 60 ngày, có thể được gia hạn nhưng không quá 90 ngày.

3. Thực hiện quyết định của Cơ quan Giải quyết tranh chấp và áp dụng biện pháp trả đũa
Quyết định về giải quyết tranh chấp được DSB thông qua theo nguyên tắc đồng thuận tiêu cực có giá trị pháp lý và có tính cưỡng chế thi hành đối với các bên tranh chấp. Thông thường thì bên thua kiện có nghĩa vụ bại bỏ các quy định hoặc chấm dứt áp dụng các biện pháp mà nhóm chuyên gia kết luận là vi phạm điều khoản trong các hiệp định có liên quan của WTO. Để bảo đảm là bên thua kiện sẽ thực hiện nghiêm túc quyết định của DSB và để tránh tình trạng “rơi vào im lặng”, WT0 đề ra một cơ thể theo dõi và giám sát việc thực hiện quyết định. Trong vòng 30 ngày kể từ ngày thông qua báo cáo của nhóm chuyên gia, bên thua kiện phải thông báo cho DSB biết về những biện pháp mà nước này dự định áp dụng để thực hiện khuyến nghị của nhóm chuyên gia. Nếu nước này vì lý do nào đó không thể thực hiện ngay khuyến nghị của nhóm chuyên gia thì DSB có thể cho phép nước này được thực hiện trong một thời hạn “hợp lý”. Và nếu trong thời hạn hợp lý” đó, bên thua kiện vẫn không thể thực hiện được khuyến nghị của nhóm chuyên gia thì nước này có nghĩa vụ thương lượng với bên thắng kiện về mức độ bồi thường thiệt hại, ví dụ như giảm thuế quan đối với một sản phẩm nào đó có lợi cho bên thắng kiện. Nếu trong vòng 20 ngày kể từ ngày chàm dứt thời hạn hợp lý, các bên tranh chấp không đạt được thỏa thuận về mức độ bồi thường thì bến thắng kiện có quyền yêu cầu DSB cho phép áp dụng các biện pháp trả đũa, cụ thể là tạm ngưng việc cho bên thua kiện hưởng những nhân nhượng thuế quan hoặc tạm ngưng thực hiện những nghĩa vụ đối với bên thua kiện theo hiệp định có liên quan.
Biện pháp trả đũa phải tương ứng với mức độ thiệt hại và phải được thực hiện trong lĩnh vực (secto) thương mại mà liên thang kiện bộ thiệt hại. Để bảo đảm tính hiệu quả của các biện pháp trả đũa và rút kinh nghiệm, WF() quy định trong trường hợp việc áp dụng biện pháp trả đũa mà lĩnh vực bị thiệt hại là không thực tê hoặc không có hiệu quả, thì bên tháng kiện có quyền yêu cầu DSB cho phép trả đũa trong một lĩnh vực khác (trả đũa chéo). Chẳng hạn một nước đang phát triển sẽ khó có thể áp dụng một cách hiệu quà biện pháp trả đũa trong lĩnh vực thương mại hàng hóa đối với một nước phát triển, nhưng nếu trả đũa trong lĩnh vực thương mại dịch vụ hoặc sở hữu trí tuệ thì có thể sẽ hiệu quả hơn. Hơn thế nữa, trong một số trường hợp đặc biệt nghiêm trọng. bên thắng kiện còn có thể yêu cầu DSB cho phép trả đũa trong những lĩnh vực thuộc các hiệp định thương mại khác với hiệp định thương mại mà bên thua kiện vi phạm. Tuy nhiên, để bảo đảm sự công bằng và trong trường hợp có tranh chấp về mức độ trả đũa, WTO cũng dành cho bên thua kiện quyền đưa tranh chấp nói trên ra giải quyết theo phương thức trọng tài. Quyết định của trọng tài về vấn đề này là quyết định cuối cùng và có giá trị thi hành đối với tất cả các bên.
4. Các phương thức giải quyết tranh chấp khác
Ngoài cơ thể của DSB, các nước thành viên WTO còn có thể sử dụng những phương thức giải quyết tranh chấp khác trong Công pháp quốc tế như trọng tài liên quốc gia (interstate arbitration). trung gian (mediation) và hoà giải (conciliation). Điều XXV của Thoả thuận DSỰ quy định các nước thành viên có thể giải quyết tranh chấp với nhau thông qua trọng tài đối với những tranh chấp nếu các nước này thỏa thuận nhất trí sử dụng cơ chế của trọng tài và chi nhận huân thủ các quyết định cua rong tài.
Các nước cũng có thể sử dụng cơ chế trung gian hoặc hoà giải của tột bên thứ ba. Riêng đối với những tranh chấp mà một bên là nước kém phát triển nhất thì Tổng Giám đốc WTO có thể đứng ra làng trung gian hoặc hoà giải.
Ngoài cơ chế giải quyết tranh chấp chung ra, một số biện định thường mại đa biến của WTO cũng quy định những cơ chế giải quyết tranh chấp đặc biệt. Ví dụ như Hiệp định về trợ cấp có quy định thủ tục riêng về giải quyết tranh chấp liên quan đến hàng dệt trước Cơ quan Giám sát hàng dệt. Trong trường hợp các quy định về cơ chế giải quyết tranh chấp đặc biệt khác với những quy định về cơ chế giải quyết tranh chấp chung thì những quy định trong cơ chế đặc biệt thắng thế.