1. Thẩm quyền áp dụng thủ tục rút gọn của Cơ quan điều tra
Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2003 quy định Viện kiểm sát ra quyết định về việc áp dụng thủ tục rút gọn đối với vụ án hình sự. Cơ quan điều tra chưa được quy định có thẩm quyền này. Trong quá trình áp dụng, xảy ra vướng mắc, do vậy Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 mở rộng hơn cho một số các cơ quan tiến hành tố tụng trong đó có Cơ quan điều tra được áp dụng thủ tục rút gọn. Trước đây, có những vụ án mà ngay từ đầu Cơ quan điều tra có thể xác định ngay đây là vụ án đủ các điều kiện để áp dụng thủ tục rút gọn nhưng lại phải chờ Viện kiểm sát ra quyết định áp dụng, làm mất nhiều thời gian hơn là Cơ quan điều tra tự ra quyết định áp dụng thủ tục rút gọn ngay từ đầu.
Điều 457 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 quy định trong thời hạn 24 giờ kể từ khi vụ án có đủ điều kiện quy định, thì ngoài Viện kiểm sát, Cơ quan điều tra phải ra quyết định áp dụng thủ tục rút gọn. Ngoài ra, Điều 457 còn quy định trường hợp xét thấy quyết định áp dụng thủ tục rút gọn của Cơ quan điều tra không đúng pháp luật thì trong thời hạn 24 giờ kể từ khi nhận được quyết định, Viện kiểm sát phải ra quyết định hủy bỏ quyết định áp dụng thủ tục rút gọn và gửi cho Cơ quan điều tra.
2. Thẩm quyền áp dụng thủ tục rút gọn của Viện kiểm sát
Điều 320 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2003 quy định, Viện kiểm sát có thể tự mình ra quyết định khi xét thấy vụ án có đủ các điều kiện quy định, hoặc trên cơ sở đề nghị của Cơ quan điều tra sau khi khởi tố vụ án. Quyết định áp dụng thủ tục rút gọn phải được gửi cho Cơ quan điều tra và bị can hoặc người đại diện hợp pháp của họ trong thời hạn 24 giờ, kể từ khi ra quyết định.
Điểu 457 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 tiếp tục giao thẩm quyền ra quyết định áp dụng thủ tục rút gọn cho Viện kiểm sát nhân dân. Trong thời hạn 24 giờ kể từ khi vụ án có đủ điều kiện quy định, thì Viện kiểm sát phải ra quyết định áp dụng thủ tục rút gọn. Bộ luật Tố tụng hình sự giao thẩm quyền ra quyết định áp dụng thủ tục rút gọn cho Viện kiểm sát là phù hợp với chức năng của Viện kiểm sát, để khắc phục thực trạng vụ án có đủ điều kiện nhưng Cơ quan điều tra không áp dụng thủ tục rút gọn.
3. Thẩm quyền áp dụng thủ tục rút gọn của Tòa án
Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2003 chưa quy định thẩm quyền ra quyết định áp dụng thủ tục rút gọn cho Tòa án. Đó là, sau khi ra quyết định truy tố, Viện kiểm sát chuyển hồ sơ vụ án hình sự thông thường đến Tòa án, cho dù Tòa án thấy vụ án đó có đủ điều kiện áp dụng thủ tục rút gọn, nhưng lại không có thẩm quyền ra quyết định. Tòa án vẫn phải áp dụng thủ tục thông thường để giải quyết vụ án, như vậy nó sẽ làm kéo dài thời gian giải quyết vụ án và không khắc phục được tình trạng không áp dụng thủ tục rút gọn hoặc chỉ áp dụng cho đủ chỉ tiêu, kế hoạch. Vì vậy, Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 quy định trong thời hạn 24 giờ kể từ khi vụ án có đủ điều kiện quy định, thì ngoài Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát thì còn có cả Tòa án cũng phải ra quyết định áp dụng thủ tục rút gọn tùy theo từng giai đoạn tố tụng.
Ngoài ra, Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 còn quy định: Trường hợp xét thấy quyết định áp dụng thủ tục rút gọn của Tòa án không đúng pháp luật thì Viện kiểm sát kiến nghị với Chánh án Tòa án đã ra quyết định. Chánh án Tòa án phải xem xét, trả lời trong thời hạn 24 giờ kể từ khi nhận được kiến nghị của Viện kiểm sát.
Việc áp dụng thủ tục rút gọn nếu không tuân thủ đúng các quy định của pháp luật có thể gây thiệt hại cho chính bị can, bị cáo và những người tham gia tố tụng trong vụ án. Do đó, quyết định áp dụng thủ tục rút gọn có thể bị khiếu nại nhằm loại bỏ tình trạng tiêu cực, lợi dụng quy định của pháp luật cho mục đích không minh bạch. Trong thời hạn 5 ngày kể từ ngày nhận được quyết định áp dụng thủ tục rút gọn (đây gọi là thời hiệu khiếu nại), bị can, bị cáo, hoặc người đại diện hợp pháp của họ có quyền khiếu nại đối với cơ quan tiến hành tố tụng đã ra quyết định áp dụng thủ tục rút gọn. Cơ quan tiến hành tố tụng phải giải quyết khiếu nại trong thời hạn 3 ngày kể từ ngày nhận được khiếu nại. Cơ quan tiến hành tố tụng đã ra quyết định áp dụng thủ tục rút gọn có quyền không chấp nhận đơn khiếu nại nếu xét thấy vụ án đáp ứng đầy đủ các điều kiện pháp luật quy định cho việc áp dụng thủ tục rút gọn.