Khởi tố bị can là một hoạt động điều tra trong đó, cơ quan có thẩm quyền xác định một người đã thực hiện hành vi phạm tội cần thiết phải khởi tố bị can để tiến hành điều tra đối với họ.
Xét dưới góc độ buộc tội, khởi tố bị can thể hiện việc Cơ quan điều tra chính thức buộc tội đối với cá nhân, pháp nhân thương mại cụ thể khi cơ quan này cho rằng có đủ căn cứ xác định cá nhân, pháp nhân thương mại đó đã thực hiện hành vi phạm tội sau khi buộc tội sơ bộ bằng các hoạt động bắt hoặc tạm giữ. Chính vì vậy, để khởi tố bị can đòi hỏi Cơ quan điều tra phải có căn cứ. Căn cứ ở đây là căn cứ thực tế – có đầy đủ chứng cứ cho rằng một người đã thực hiện hành vi trên thực tế và căn cứ pháp lý – hành vi đó có dấu hiệu cấu thành một tội phạm cụ thể quy định trong Bộ luật Hình sự. Do đó, trong quyết định khởi tố bị can đòi hỏi phải ghi rõ bị can bị khởi tố về tội gì, theo điều, khoản nào của Bộ luật Hình sự, thời gian, địa điểm phạm tội và các tình tiết khác của vụ án. Căn cứ để khởi tố bị can là các tài liệu, chứng cứ, tình tiết của vụ án và các quy định của pháp luật dưới sự đánh giá của Cơ quan điều tra với tư cách là cơ quan có nghĩa vụ chứng minh tội phạm và người phạm tội.
Quyết định khởi tố bị can là cơ sở pháp lý để Cơ quan điều tra tiến hành các biện pháp điều tra đối với bị can như áp dụng, thay đổi các biện pháp ngăn chặn, hỏi cung bị can… Đồng thời, quyết định khởi tố bị can cũng xác định địa vị pháp lý của người bị buộc tội là bị can. Trong đó, bị can có những quyền và nghĩa vụ khác với người chưa bị buộc tội.
Với ý nghĩa là hoạt động điều tra, khởi tố bị can tác động nhiều mặt tới quyền của người bị khởi tố bị can, nên khởi tố bị can cũng phải tuân theo các thủ tục chặt chẽ luật định về thẩm quyền khởi tố bị can; chịu sự kiểm sát của Viện kiểm sát nhân dân. Cụ thể: Quyết định khởi tố bị can ghi rõ thời gian, địa điểm ra quyết định; họ tên, chức vụ người ra quyết định; họ tên, ngày, tháng, năm sinh, quốc tịch, dân tộc, tôn giáo, giới tính, chỗ ở, nghề nghiệp của bị can; bị can bị khởi tố về tội gì, theo điều, khoản nào của Bộ luật Hình sự; thời gian, địa điểm phạm tội và những tình tiết khác của tội phạm.
Trường hợp bị can bị khởi tố về nhiều tội khác nhau thì quyết định khởi tố bị can phải ghi rõ từng tội danh và điều, khoản của Bộ luật Hình sự được áp dụng.
Thẩm quyền khởi tố bị can thuộc về Thủ trưởng Cơ quan điều tra, trong một số trường hợp Viện kiểm sát nhân dân và một số người có thẩm quyền trong các cơ quan được tiến hành một số hoạt động điều tra cũng được quyền khởi tố bị can.
Để bảo đảm cho việc khởi tố bị can có căn cứ, đúng pháp luật, quyết định khởi tố bị can phải được Viện kiểm sát xem xét phê chuẩn. Phê chuẩn quyết định khởi tố bị can là việc Viện kiểm sát thực hiện chức năng công tố và kiểm sát việc tuân theo pháp luật của mình.
Trong thời hạn 24 giờ kể từ khi ra quyết định khởi tố bị can, Cơ quan điều tra phải gửi quyết định khởi tố và tài liệu liên quan đến việc khởi tố bị can cho Viện kiểm sát cùng cấp để xét phê chuẩn. Trong thời hạn 03 ngày kể từ ngày nhận được quyết định khởi tố bị can, Viện kiểm sát phải quyết định phê chuẩn hoặc quyết định hủy bỏ quyết định khởi tố bị can hoặc yêu cầu bổ sung chứng cứ, tài liệu làm căn cứ để quyết định việc phê chuẩn và gửi ngay cho Cơ quan điều tra.
Trường hợp Viện kiểm sát yêu cầu bổ sung chứng cứ, tài liệu thì trong thời hạn 03 ngày kể từ ngày nhận được chứng cứ, tài liệu bổ sung, Viện kiểm sát phải ra quyết định phê chuẩn hoặc quyết định hủy bỏ quyết định khởi tố bị can.
Trong quá trình xem xét phê chuẩn quyết định khởi tố bị can của Cơ quan điều tra, nếu Viện kiểm sát phát hiện có người đã thực hiện hành vi mà Bộ luật Hình sự quy định là tội phạm chưa bị khởi tố thì Viện kiểm sát yêu cầu Cơ quan điều tra ra quyết định khởi tố bị can hoặc trực tiếp ra quyết định khởi tố bị can nếu đã yêu cầu nhưng Cơ quan điều tra không thực hiện. Trong thời hạn 24 giờ kể từ khi ra quyết định khởi tố bị can, Viện kiểm sát phải gửi cho Cơ quan điểu tra để tiến hành điều tra.
Sau khi nhận hồ sơ và kết luận điều tra để thực hiện nhiệm vụ trong giai đoạn truy tố, nếu Viện kiểm sát phát hiện có người khác đã thực hiện hành vi mà Bộ luật Hình sự quy định là tội phạm trong vụ án chưa bị khởi tố thì Viện kiểm sát ra quyết định khởi tố bị can và trả hồ sơ cho Cơ quan điều tra để điều tra bổ sung.
Quyết định khởi tố bị can có thể được thay đổi, bổ sung trong giai đoạn điều tra đối với các trường hợp: khi tiến hành điều tra, nếu có căn cứ xác định hành vi của bị can không phạm vào tội đã bị khởi tố; Quyết định khởi tố ghi không đúng họ, tên, tuổi, nhân thân của bị can; Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát phải bổ sung quyết định khởi tố bị can nếu có căn cứ xác định bị can còn thực hiện hành vi khác mà Bộ luật Hình sự quy định là tội phạm. Quyết định thay đổi, bổ sung, quyết định khởi tố bị can cũng cần phải có sự xem xét phê chuẩn của Viện kiểm sát.
Trong quá trình khởi tố bị can, Cơ quan điều tra có thể yêu cầu cơ quan có thẩm quyền ra quyết định tạm đình chỉ chức vụ của bị can nếu xét thấy nếu bị can tiếp tục đảm nhiệm chức vụ sẽ gây khó khăn cho quá trình điều tra. Việc có tạm đình chỉ chức vụ của bị can hay không do cơ quan có thẩm quyền quản lý bị can quyết định trong thời hạn 07 ngày kể từ ngày nhận được kiến nghị.