Hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu là việc cơ quan thu thuế ra quyết định trả lại cho đương sự số tiền thuế mà họ đã nộp thừa hoặc cơ quan thuế đã thu mà không có cơ sở pháp lí. Khác với mục đích của chế độ miễn thuế là nhằm giúp Nhà nước thực hiện các chính sách về kinh tế, xã hội, chính trị, ngoại giao hay an ninh quốc phòng, việc hoàn thuế thường nhằm hướng tới mục tiêu chủ yếu là đảm bảo sự công bằng về quyền lợi vật chất cho người nộp thuế.
Dựa trên tinh thần cơ bản của nguyên tắc công bằng, pháp luật của nhiều nước trên thế giới đều quy định chế độ hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu cho hàng hoá xuất nhập khẩu trong một số trường hợp nhất định khi có bằng chứng chứng minh việc thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu là không có căn cứ pháp luật.
Ở Indonesia chế độ hoàn thuế cho hàng hoá nhập khẩu được quy định tại Điều 27 Luật hải quan Indonesia. Ở Philippines việc hoàn thuế nhập khẩu được quy định tại tiết 106 Luật thuế quan Philippines. Còn ở Trung Quốc vấn đề hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu được quy định tại Điều 63 Luật hải quan Trung Quốc.
Ở Việt Nam, theo quy định tại Điều 19 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu năm 2016, người nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu có thể được xét hoàn lại số tiền thuế đã nộp trong các trường hợp sau đây:
a) Người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu nhưng không có hàng hoá nhập khẩu, xuất khẩu hoặc nhập khẩu, xuất khẩu ít hơn so với hàng hoá nhập khẩu, xuất khẩu đã nộp thuế;
b) Người nộp thuế đã nộp thuế xuất khẩu nhưng hàng hoá xuất khẩu phải tái nhập được hoàn thuế xuất khẩu và không phải nộp thuế nhập khẩu;
c) Người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu nhưng hàng hoá nhập khẩu phải tái xuất được hoàn thuế nhập khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu:
d) Người nộp thuế đã nộp thuế đối với hàng hoá nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hoá xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm;
đ) Người nộp thuế đã nộp thuế đối với máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất, trừ trường hợp đi thuê để thực hiện các dự án đầu tư, thi công xây dựng, lắp đặt công trình, phục vụ sản xuất, khi tái xuất ra nước ngoài hoặc xuất vào khu phi thuế quan.
Số tiền thuế nhập khẩu được hoàn lại xác định trên cơ sở trị giá sử dụng còn lại của hàng hoá khi tái xuất khẩu tính theo thời gian sử dụng, lưu lại tại Việt Nam. Trường hợp hàng hoá đã hết trị giá sử dụng thì không được hoàn lại thuế nhập khẩu đã nộp. Không hoàn thuế đối với số tiền thuế được hoàn dưới mức tối thiểu theo quy định của Chính phủ. Riêng hàng hoá quy định tại các điểm a, b và c trên đây chỉ được hoàn thuế khi chưa qua sử dụng, gia công, chế biến.
Về nguyên tắc, để được xét hoàn thuế xuất khẩu hoặc thuế nhập khẩu, người nộp thuế phải lập hồ sơ xin hoàn thuế gửi cho cơ quan thu thuế. Trong hồ sơ đó người nộp thuế phải xuất trình các bằng chứng chứng minh số thuế mình đã nộp thừa thuộc một trong các trường hợp được hoàn thuế trên đây. Căn cứ vào các bằng chứng nêu trong hồ sơ xin hoàn thuế và trên cơ sở đối chiếu hồ sơ đó với các trường hợp được hoàn thuế theo quy định của pháp luật, cơ quan thu thuế có thể chấp nhận hoặc từ chối hoàn thuế cho đương sự trong thời hạn mười lăm (15) ngày, kế | từ ngày nhận được hồ sơ xin hoàn thuế. Trường hợp người nộp thuế xuất trình hồ sơ không đầy đủ hoặc không hợp lệ, trong thời hạn năm (5) ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan thuế phải có văn bản yêu cầu đương sự bổ sung hồ sơ. Việc thông báo chấp nhận hoặc từ chối hoàn thuế cho đương sự phải được thực hiện bằng văn bản và văn bản này, trên nguyên tắc có thể bị đối kháng bởi người nộp thuế nếu họ cho rằng việc từ chối hoàn thuế là không chính đáng hoặc nội dung quyết định hoàn thuế của cơ quan thu thuế là không thoả đáng.
