Là một tổ chức quốc tế dựa trên các nghĩa vụ pháp lý (rule-based), GATT trước kia cũng như WTO hiện nay đều cần có một cơ chế giải quyết tranh chấp hiệu quả và công bằng, nhằm bảo đảm để tất cả các nước thành viên, dù lớn hay nhỏ, dù là nước phát triển hay đang phát triển cũng đều phải tuân thủ luật chơi chung” của thương mại quốc tế.
Cơ chế giải quyết tranh chấp của GATT-1947 đã được hầu hết các chuyên gia về thương mại quốc tế đánh giá rất cao và được công nhận như là một trong những thành công quan trọng nhất của GATT sau gần 50 năm tồn tại. Những nguyên tắc và thủ tục giải quyết tranh chấp của GATT đã được WTO kế thừa và phát triển. Sau hơn 10 năm hoạt động, Cơ quan Giải quyết tranh chấp của WTO đã thực sự trở thành một trong những định chế có quyền lực nhất trên thế giới. Ngay cả các siêu cường như EU, Mỹ cũng phải chấp nhận đưa các tranh chấp của họ và giải quyết trước WTO và chấp nhận thực hiện các quyết định của Cơ quan Giải quyết tranh chấp. mặc dù đôi lúc những nước này đã công khai phản đối lại các quyết định này, một điều khi có thể tưởng tượng tại các tổ chức quốc tế khác, ví dụ như Liên hợp quốc
Cơ chế giải quyết tranh chấp của GATT-1947 được xây dựng trên cơ sở Điệu XXII và Điều XXIII Hiệp định GATT. Điều XXII quy định về thủ tục tư vấn (consultation) giữa các bên ký kết liên quan đến việc áp dụng và thực hiện GATT. Điều XXIII quy định về thủ tục hoà giải (conciliation) giữa các bên có tranh chấp trong trường hợp quyền lợi thương mại của một nước bị vô hiệu hoá (nullification) hoặc bị suy giảm (impairment) do hành vi của một bên ký kết khác gây ra. Vào thời kỳ đầu, Hiệp định GATT giao phó cho các nhóm công tác và từ năm 1952 cho các nhóm chuyên gia.
Cơ chế giải quyết tranh chấp của GATT mang tính chất “hoà giải” nhiều hơn là “tranh tụng”, có mục đích làm cho các bên tranh chấp hiểu nhau hơn nhằm đi đến một giải pháp mà hai bên đều chấp nhận được. Nhiệm vụ hoà giải được giao cho nhóm chuyên gia, bao gồm ba hoặc năm thành viên thường được chọn trong số những nhà ngoại giao làm việc tại phái đoàn đại diện ở Geneva hoặc quan chức chính phủ của những nước thứ ba, có kinh nghiệm nhiều năm về những vấn đề của GATT.
Nhóm chuyên gia có nhiệm vụ xem xét một cách khách quan thực chất nội dung tranh chấp, việc vì phạm Hiệp định nếu có và những thiệt hại có thể có đối với một bên tranh chấp và sẽ soạn thảo một báo cáo để trình lên Đại hội đồng GATT xem xét. Việc thông qua báo cáo được thực hiện theo nguyên tắc đồng thuận. Tuy nhiên, nguyên tắc này cũng đã gây nhiều khó khăn cho cơ chế giải quyết tranh chấp của GATT vì, về lý thuyết, bất kỳ bên ký kết nào cũng có thể phản đối hoặc trì hoãn việc thành lập Nhóm chuyên gia và phong tỏa việc thông qua báo cáo. Sự chậm trễ trong việc giải quyết tranh chấp trong nhiều trường hợp đã không đem lại tác dụng trên thực tế cho bên thắng kiện do sản phầm hoặc ngành sản xuất bị thiệt hại đã mất khả năng cạnh tranh sau một thời gian giải quyết tranh chắp kéo dài
Ngoài ra, việc thông qua một số “bộ luật” của Vòng Tokyo 1979 với những cơ chế giải quyết tranh chấp riêng rẻ (mua sắm chính phủ, hàng không dân dụng…) đã làm ảnh hưởng đến tính thống nhất và làm suy yếu cơ chế giải quyết tranh chấp chung của GATT. Một số tranh chấp mới nảy sinh như tranh chấp về những biện pháp thương mại liên quan đến đầu tư, về vấn đề bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, về thương mại dịch vụ… lại không thuộc thẩm quyền của GATT. 1947 về việc giải quyết tranh chấp đó bên ngoài hệ thống thương mại đa phương nhiều khi đã dẫn đến các biện pháp trừng phạt đơn phương đối với các nước đang phát triển.
