Thủ tục hành chính có thể được phân chia thành nhiều nhóm theo những căn cứ khác nhau. Thủ tục hành chính được phân loại theo hai cách sau:
1. Căn cứ mục đích của thủ tục
Theo mục đích của thủ tục, thủ tục hành chính được chia thành thủ tục ban hành văn bản quy phạm pháp luật và thủ tục giải quyết các công việc cụ thể.
1.1. Thủ tục ban hành văn bản quy phạm pháp luật
Mặc dù Quốc hội thực hiện quyền lập pháp để đặt ra những quy phạm pháp luật điều chỉnh những quan hệ xã hội cơ bản, quan trọng nhất, tạo nên bộ xương cho cả hệ thống pháp luật nhưng vì nhiều lí do khác nhau, cơ quan hành chính, cơ quan toà án, viện kiểm sát vẫn có quyền ban hành văn bản quy phạm pháp luật. So với thủ tục lập pháp, thủ tục hành chính được dùng để ban hành văn bản quy phạm pháp luật đơn giản hơn nhưng lại đa dạng hơn. Có nhiều thủ tục ban hành văn bản quy phạm như thủ tục ban hành văn bản quy phạm pháp luật của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; thủ tục ban hành văn bản quy phạm pháp luật của bộ, cơ quan ngang bộ, văn bản liên tịch; thủ tục ban hành văn bản quy phạm pháp luật của toà án, viện kiểm sát, của hội đồng nhân dân và uỷ ban nhân dân. Kết quả của việc thực hiện thủ tục ban hành văn bản quy phạm pháp luật là cơ quan có thẩm quyền ban hành một văn bản quy phạm pháp luật.
Do khả năng tác động rộng về đối tượng, lâu dài về thời gian của văn bản quy phạm pháp luật nên mục đích của thủ tục ban hành văn bản quy phạm pháp luật là làm thế nào để bằng thủ tục đó có thể tạo ra các văn bản quy phạm pháp luật có tính khái quát cao, có khả năng dự báo chính xác nhằm thiết lập và duy trì trật tự quản lí trong từng lĩnh vực hoặc trong phạm vi lãnh thổ nhất định. Chính vì vậy, thủ tục ban hành văn bản quy phạm pháp luật thường có nhiều chủ thể tham gia và ít có các quy định về thời hạn cho các hoạt động cụ thể trong đó.
1.2. Thủ tục giải quyết các công việc cụ thể
Nếu như sự ổn định của đời sống xã hội có được phần lớn là nhờ các văn bản quy phạm pháp luật thì sự sống động của đời sống, khả năng thích ứng của nền hành chính, năng lực hoạt động của cơ quan, cán bộ, công chức chủ yếu thể hiện qua hoạt động giải quyết các công việc cụ thể. Có nhiều thủ tục giải quyết các công việc cụ thể với mục đích khác nhau, như cho phép cá nhân, tổ chức thực hiện các quyền mà pháp luật quy định phải được sự cho phép của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; ví dụ, thủ tục cấp các loại giấy phép; giải quyết các yêu cầu, đề nghị của cá nhân, tổ chức; thủ tục khiếu nại, tố cáo; áp dụng các biện pháp cưỡng chế hành chính; thủ tục xử phạt vi phạm hành chính; hình thành, quản lí đội ngũ cán bộ, công chức; thủ tục tuyển dụng, khen thưởng cán bộ, công chức... Nói chung, thủ tục giải quyết các công việc cụ thể thường liên quan trực tiếp đến những quyền, nghĩa vụ và lợi ích của cơ quan, tổ chức, cá nhân nên các thủ tục này phải có khả năng ngăn chặn nguy cơ xâm phạm các quyền và lợi ích hợp pháp. Sự nhanh chóng, kịp thời khi thực hiện các thủ tục này có ý nghĩa đáng kể tới sự chính xác của hoạt động quản lí, sự thuận tiện trong việc thực hiện quyền, nghĩa vụ của cá nhân, tổ chức nên các thủ tục này thường có những khoảng thời gian (thời hiệu, thời hạn) có giá trị bắt buộc đối với các chủ thể của thủ tục.
2. Căn cứ tính chất công việc được tiến hành theo thủ tục hành chính
Dựa vào tính chất công việc được tiến hành, thủ tục hành chính được chia thành hai loại: Thủ tục hành chính nội bộ và thủ tục hành chính liên hệ.
2.1. Thủ tục hành chính nội bộ
Là thủ tục tiến hành các hoạt động quản lí được thực hiện trong nội bộ cơ quan, hệ thống cơ quan hay toàn bộ bộ máy nhà nước. Các hoạt động quản lí thực hiện theo thủ tục hành chính nội bộ phần nhiều nhằm hình thành, hoàn thiện, vận hành bộ máy quản lí nên thủ tục hành chính nội bộ phục vụ cho việc tổ chức và thực hiện quyền lực nhà nước, đảm bảo phân công, phân cấp, phối hợp hoạt động giữa các cơ quan, các bộ phận, các cán bộ, công chức trong một cơ quan nhà nước. Nói cách khác, thủ tục hành chính nội bộ liên quan chặt chẽ với vấn đề tổ chức và hoạt động của bộ máy nhà nước. Nhu cầu cải cách thủ tục hành chính nội bộ xuất phát từ nhu cầu nâng cao hiệu quả hoạt động của bộ máy nhà nước nên không thể cải cách các thủ tục này nếu không cải cách bộ máy nhà nước, đặc biệt là bộ máy hành chính. Các chủ thể của thủ tục hành chính nội bộ thường là các cơ quan, cán bộ, công chức nhà nước. Sự tham gia của các cá nhân, tổ chức ngoài bộ máy nhà nước vào các thủ tục này tương đối hạn chế. Có nhiều thủ tục hành chính nội bộ như thủ tục ban hành văn bản quy phạm pháp luật, thủ tục thành lập, sáp nhập, giải thể cơ quan nhà nước, đơn vị cơ sở, thủ tục tuyển dụng, bổ nhiệm, khen thưởng, kỷ luật cán bộ, công chức...
2.2. Thủ tục hành chính liên hệ
Là thủ tục giải quyết các công việc cụ thể liên quan đến quyền, nghĩa vụ, lợi ích của tổ chức, cá nhân. Điểm chung của thủ tục hành chính liên hệ là chủ thể tham gia thủ tục bao giờ cũng là cá nhân, tổ chức không sử dụng quyền lực nhà nước. Việc xây dựng và thực hiện các thủ tục này phụ thuộc vào quan niệm về mối quan hệ giữa Nhà nước và nhân dân, về vai trò của Nhà nước trong quản lí. Thủ tục hành chính liên hệ ảnh hưởng rõ rệt tới hiệu quả quản lí và người dân đánh giá thái độ, năng lực hoạt động của chính quyền chủ yếu thông qua việc thực hiện các thủ tục này. So với thủ tục hành chính nội bộ, thủ tục hành chính liên hệ linh hoạt và phải thay đổi thường xuyên hơn để phù hợp với sự thay đổi của thực tiễn quản lí. Chính vì vậy, vấn đề cải cách thủ tục hành chính liên hệ hiện nay cấp bách hơn cải cách thủ tục hành chính nội bộ. Có nhiều thủ tục hành chính liên hệ như thủ tục cấp phép, thủ tục giải quyết khiếu nại, thủ tục đăng kí quyền sở hữu tài sản, thủ tục áp dụng các biện pháp cưỡng chế hành chính...
